Der Niedergang
Krieg zwischen Como und Mailand
Von 1118 bis 1127 herrscht Krieg zwischen den Städten Como und Mailand. Wie andere Siedlungen im südlichen Tessin wird auch Tremona mit großer Wahrscheinlichkeit angegriffen. Hunderte von Pfeilen, die innerhalb der Mauern gefunden wurden, und auch das Fehlen von Münzen für den Zeitraum zwischen Ende des 11. und dem 12. Jahrhundert lassen annehmen, dass die Siedlung entweder belagert, vorübergehend verlassen oder vollständig zerstört wurde. Doch ein letztes Mal noch soll Tremona auferstehen. Schon wenige Jahrzehnte später, in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts wird das Castrum neu aufgebaut und besiedelt. Ein neuer, etwas engerer Mauerring wird errichtet. Der Zugang zum Dorf wird in den zentralen Bereich im Westen verlegt und neue Gebäude entstehen.
Nach dem Frieden von Konstanz
Auf den Frieden von Konstanz folgen mehrere vergleichsweise ruhige Jahre, in denen sich Mailand und Como wirtschaftlich entwickeln und die auch von Tremona zum Vorteil genutzt werden. Die Handelsbeziehungen mit Orten und Städten der Umgebung werden ausgebaut. Aus dieser Zeit stammen weitere Funde, insbesondere einige aufwendig bearbeitete Schmuckgegenstände (Fibeln, Schnallen, Bronzeplaketten) und über eintausend in verschiedenen Städten der Lombardei geprägte Silbermünzen. Doch der Niedergang Tremonas ist bereits besiegelt. Im 13. Jahrhundert folgt eine weitere Phase politischer und wirtschaftlicher Unsicherheit aufgrund der Kämpfe zwischen den Visconti und den Torriani um die Hegemonie über das Gebiet einschließlich der Alpenpässe. Das Tessin wird erneut von Krieg heimgesucht.
Das Castrum wird verlassen
1242 belagern und erobern die Visconti Mendrisio und Bellinzona. Das alte Castrum von Castelseprio, in dem die im Januar 1277 von den Rivalen in Desio besiegten und geflüchteten Torriani Unterschlupf gefunden hatten, wird dem Erdboden gleichgemacht. Nur die Kirchen werden verschont. Der Seprio gerät endgültig unter Mailänder Herrschaft. Das Castrum von Tremona bleibt auch diesmal nicht verschont. Anhand der Ausgrabungen lässt sich belegen, dass die Ortschaft angegriffen und niedergebrannt wurde. Der untere Teil wird vollständig verlassen. Die Siedlung im oberen Teil wird zu Beginn des 15. Jahrhunderts sich selbst, der Natur und schließlich dem Vergessen überlassen